Situado en la gran reserva de la Biosfera El Vizcaíno, Guerrero Negro es particularmente atractivo para los eco-turistas. Cientos de entusiastas de la vida silvestre llegan desde los meses de enero a marzo para observar las ballenas grises en las cercanas aguas de la Laguna Ojo de Liebre, donde dan a luz.

Otra atracción es el estuarios y pantanos que son el hogar de varias especies de aves como el pelícano blanco, el halcón de cola roja, la garza gris y blanco, zarapitos toma, el águila real y el águila de pescado.

Otros sitios de interés incluyen las minas de sal (que se puede visitar sólo con autorización de la Empresa de exportación de sal), las pinturas rupestres de la Sierra de San Francisquito. Las agencias de viajes locales son un recurso valioso, ya que ofrecen muchas giras bien planificadas.

Debido a la delicada naturaleza de Guerrero Negro y la inmensidad de la zona, se recomienda que sólo tomes tours con guías expertos.